Az ügy legérzékenyebb pontja, hogy a Bizottság immár harmadszorra kéri fel belső szakosított szervét, az Európai Élelmiszerbiztonsági Hatóságot a termények felülvizsgálatára, annak ellenére, hogy az már két ízben az emberi egészségre ártalmatlannak nyilvánította azokat. A tagállamok ugyanakkor rendkívül megosztottak a génmódosított termények kérdésében. A környezetvédelmi biztos, Sztavrosz Dimasz a két kukoricafaj betiltását támogatja, míg más biztosok Európa génmódosított terményekre való nyitottságát kívánják hangsúlyozni. Az Európai Élelmiszerbiztonsági Hivatalt – melynek döntéseit a Bizottság legtöbb esetben elfogadja – számos támadás éri a kérdésben, mivel vizsgálatainak alapját a biotechnológiai ipar által szolgáltatott adatok jelentik.
A Greenpeace és a Föld Barátai nemzetközi környezetvédelmi civil szervezetek az Európai Élelmiszerbiztonsági Hatóság reformját sürgetik, hogy biztosítsák annak tudományos megalapozottságú és pártatlan döntéseit. Véleményük szerint egyértelmű, hogy maga a Bizottság sem bízik szakosított szervében. A Bizottság ennek ellenére támogatja élelmiszerbiztonsági hivatalát, mondván, továbbra is szoros együttműködésben dolgozunk az EFSA-val, és támogatjuk az ügynökséget abban, hogy a genetikailag módosított termények hosszú távú környezeti hatásait vizsgálja.
